Podstawę prawną działania Spółki stanowi Ustawa z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo Wodne oraz Statut zatwierdzony przez Walne Zgromadzenie Członków SWM.

Ponadto Spółka realizuje zadania określone w następujących międzynarodowych i polskich aktach prawnych:

• Międzynarodowa Konwencja o zapobieganiu zanieczyszczaniu morza przez statki sporządzona w Londynie 2 listopada 1973 r., a zmieniona protokołem uzupełniającym z 17 lutego 1978 r., zwana Konwencją MARPOL 1973/78
• Konwencja o ochronie środowiska morskiego obszaru Morza Bałtyckiego, sporządzona w Helsinkach 9 kwietnia 1992 r., zwana Konwencją Helsińską zmieniona Nową Konwencją Helsińską, z 1992 r.
• Ustawa z 16 marca 1995 r., o zapobieganiu zanieczyszczaniu morza przez statki,
• Ustawa z 12 września 2002 r., o portowych urządzeniach do odbioru odpadów oraz pozostałości ładunkowych ze statków,
• Międzynarodowa konwencja o zapobieganiu zanieczyszczaniu morza olejami, sporządzona w Londynie w dniu 12 maja 1954 r.,
• Ustawa z 20 grudnia 1996 r. o portach i przystaniach morskich,
• Ustawa z 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska
• Ustawa z 14 grudnia 2012 r. Ustawa o odpadach
• Ustawa z dnia 13 września 1996 r. Ustawa o utrzymaniu czystości i porządku w gminach