W dniu 17 sierpnia 2004 r. Biuro Certyfikacji Polskiego Rejestru Statków S.A. przyznało Spółce Wodnej „Międzyodrze” Certyfikat Jakości

• ISO 9001:2000
• ISO 14001:1996

w zakresie przyjmowania, oczyszczania i utylizacji ścieków sanitarnych, wód zaolejonych, zużytych olejów oraz popłuczyn z mycia ładowni statków.

Celem certyfikacji oczyszczalni ścieków „Ostrów Grabowski” jest stworzenie takich zasad i procedur postępowania, aby zapewnić sterowanie aspektami ochrony środowiska poprzez ich identyfikację i klasyfikacje, przyjmując odpowiednie kryteria jakościowe i ilościowe. Celem certyfikacji jest także określenie zasad postępowania i odpowiedzialności w zakresie planowania i nadzorowania operacji oraz działań związanych z zasadniczymi aspektami środowiskowymi występującymi lub mogącymi zaistnieć na oczyszczalni ścieków.

Norma ISO 9001:2000 określa wymagania dotyczące systemu zarządzania jakością. Wdrożenie i doskonalenie tego systemu jest często postrzegane jako warunek konieczny do utrzymania pozycji i wizerunku firmy na rynku, a otrzymanie powszechnie uznawanego certyfikatu ISO 9001 świadczy o jej wiarygodności.
Wdrożenie normy ISO 14001 zobowiązuje do ciągłego doskonalenia i stosowania prewencji w ochronie środowiska m.in. poprzez ograniczenie w sposób celowy, zorganizowany i ekonomiczny negatywnego oddziaływania na środowisko.

Uroczyste wręczenie certyfikatu odbyło się w dniu 21 października 2004 roku podczas organizowanej przez Spółkę konferencji z elementami warsztatów pn.: „Doświadczenia uzyskane w wyniku realizacji projektów ekologicznych współfinansowanych ze środków międzynarodowych oraz krajowych instytucji i funduszy pomocowych.”
Informacje na temat norm ISO można uzyskać na stronie „ISO – Międzynarodowej Organizacji Normalizacyjnej„

Corocznie auditorzy z Biura Certyfikacji Systemów Zarzadzania Polskiego Rejestru Statków S.A. przeprowadzają w Spółce audity nadzorcze, które mają na celu potwierdzenie zgodności funkcjonującego w Spółce Zintegrowanego Systemu Zarzadzania z wymaganiami norm ISO 9001 oraz 14001. Certyfikat jest odnawiany co trzy lata podczas przeprowadzanego auditu ponownej certyfikacji.

Spółka w dalszym ciągu utrzymuje ważność certyfikatu a od 2020 roku zakres certyfikacji obejmuje: odbiór i oczyszczanie ścieków komunalnych z terenu dzielnicy Międzyodrze w Szczecinie, unieszkodliwianie i odzysk uwodnionych odpadów ciekłych oraz odzysk przepracowanych olejów ze szczególnym uwzględnieniem Portu Morskiego w Szczecinie.